明初,今海西为、阿瑞、曲先、罕东四卫地,由西宁卫兼管。武宗正德七年(公元1512年)左右,东蒙古诸部开始进入青海,攻破塞外四卫,至此,成为东蒙古诸部统治地区。崇祯十年(公元1637年),居住在今新疆卫拉特蒙古(即西蒙古)和硕特部,在其首领顾实汗的率领下进入青海,统辖今海西地区。
清雍正三年(公元1725年),清庭编定青海蒙古左右两翼盟29旗,今海西州境划定9个蒙古旗,统归“钦差办理青海蒙古番子事务大臣”管辖。乾隆二十二年(公元1757年),班禅商上喇嘛移住巴彦托辉、岳霍洛依(即今都兰县香日德一带),为班禅香家旗。咸丰八年(公元1858年),藏族汪什代海部落迁入今天峻县境内驻牧,当地的蒙古北前旗北迁祁连。至光绪年间(公元1875—1908年)藏族沟里、日安两个百户部落迁入今都兰县境内落居。
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